Университетом и его филиалами на сегодняшний день реализуются:
1) основная общеобразовательная программа – программа среднего общего образования;
2) основные профессиональные образовательные программы:
образовательные программы среднего профессионального образования - программы подготовки специалистов среднего звена – 9, из которых 3 плавательных и 1 транспортная;
образовательные программы высшего образования - программы бакалавриата с присвоением квалификации «бакалавр» – 11, из которых 4 транспортные;
образовательные программы высшего образования - программы специалитета с присвоением квалификации «инженер» («специалист») – 6, из которых 4 плавательных и 1 транспортная специальность;
образовательные программы высшего образования - программы магистратуры с присвоением квалификации «магистр» – 6, из которых 2 транспортные;
образовательные программы высшего образования - программы подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре – 7, из которых 1 морской и 2 транспортной направленности;
3) основные программы профессионального обучения - программы профессиональной подготовки по профессиям рабочих, должностям служащих, программы переподготовки рабочих, служащих, программы повышения квалификации рабочих, служащих – по 10 морским профессиям;
4) дополнительные профессиональные программы - программы повышения квалификации, программы профессиональной переподготовки – более 170 программ, в том числе более 100 различных курсов подготовки (переподготовки) членов экипажей морских судов;
Объем подготовки по программам высшего образования и среднего профессионального образования составляет более 10 тыс. человек, в том числе по очной форме обучения – 7 тыс. человек.
Количество отраслей наук в Университете по программам аспирантуры – 5: технические, экономические, биологические, юридические, военные.
Объем подготовки (переподготовки) и повышения квалификации членов экипажей морских судов в 2017 году составил 39664 человека.
В Университете факультетом военного обучения (3 военных кафедры) проводится подготовка офицеров, сержантов, рядовых запаса для Вооруженных Сил России. Выпускникам Университета, прошедшим военное обучение, присваивается воинское звание без последующего призыва на военную службу в мирное время. Объем подготовки составляет более 900 человек.